NGS Zytopenie Panel

Klinik für Hämatologie (Molekulare Diagnostik)
Weitere Informationen

NGS: Next generation sequencing

1-2x pro Woche

Auf Anfrage (falls gDNA asserviert wurde)

Allelfrequenz (%)

Abklärung Persistierende Zytopenien unklarer Ätiologie (ohne Hinweise für ein MDS/AML oder infiltrativen Prozess) Interpretation - Bei Patienten mit unklaren Zytopenien kann der fehlende Nachweis von somatischen Mutationen in den hier untersuchten Genen eine myeloische Neoplasie als Ursache der Zytopenien mit grosser Wahrscheinlichkeit (Negativ prädiktiver Wert: von 93%) ausschliessen (Shanmugam et al., 2019, Blood). - Bei Nachweis einer klonalen somatischen Aberrationen (Mutation mit Allelfrequenz von mind. 2%) kann die Diagnose einer CCUS (klonale Zytopenie unklarer Signifikanz, eng.: clonal cytopenia of unknown significance) gestellt werden, sofern keine diagnostischen Kriterien für eine myeloische Erkrankung (insbesondere für das MDS) vorliegt - Abklärung des autoinflammatorischen VEXAS-Syndrom (vacuoles, E1 enzyme, X-linked, autoinflammatory, somatic) durch die Untersuchung einer Hotspot Mutation in UBA1 Detektionsgrenze - 2%

Der fehlende Nachweis einer Variante schliesst eine klonale Hämatopoese nicht aus, mit diesem Multi-Gen-Panel (Targeted Sequencing) wird nur der exonische Bereich einer begrenzten Auswahl von Genen untersucht. Mit diesem Panel werden nur SNV's und kleine InDel-Varianten detektiert. Regulatorische Mutationen in intronischen Bereichen, grössere genomische Deletionen oder Duplikationen, strukturelle Rearrangierungen (Translokationen und Inversionen) werden nicht untersucht. Die Analyse darf bei fehlender Einverständniserklärung für genetische Untersuchungen nicht durchgeführt werden.

Variantenklassifikation Die Klassifikation der Varianten erfolgt nach den international gültigen Kriterien von ACMG (American College of Medical Genetics and Genomics) und AMP (Association for Molecular Pathology). Dabei werden insbesondere klinische Datenbanken (u.a. COSMIC, ClinVar, cBioPortal, IARC TP53), Populations-Datenbanken (gnomAD), in silico Algorithmen welche die Proteinfunktionalität vorhersagen (u.a. Polyphen, Sift) sowie der aktuelle Stand der Literatur berücksichtigt. Der klinische und biologische Kontext wird für die finale Interpretation der Varianten berücksichtigt. Die Varianten werden in “Pathogene Varianten” und “Variants of Unknown Significance (VUS)” eingeteilt. Bei den VUS ist die klinische Relevanz nicht bekannt bzw. nicht eindeutig beschrieben, werden aber im Bericht erwähnt da deren klinische Relevanz in Zukunft von Bedeutung sein kann. Basierend auf der vorliegenden Evidenz/Datenlage wird eine weiterführende Interpretation der «VUS» im Bericht vorgenommen in «VUS, wahrscheinlich pathogen», «VUS, unklare Signifikanz» und «VUS, wahrscheinlich benigne» vorgenommen. Terminierende Varianten werden bei Tumorsuppressorgenen (TSG) als pathogen beurteilt, bei Onkogenen werden terminierende Varianten nur als pathogen beurteilt, wenn dies in der Literatur eindeutig beschrieben wird. Nicht pathogene Keimbahnpolymorphismen mit einer “minor allele frequency, MAF (gnomAD)” > 1% werden im Bericht nicht erwähnt. Beim Nachweis einer möglichen Keimbahnveränderung wird eine weiterführende humangenetische Beratung empfohlen.

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NGS Zytopenie Panel

Klinik für Hämatologie (Molekulare Diagnostik)
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HAD Hämatologische Untersuchungen

Molekulare Diagnostik

EDTA-Vollblut (prinzipiell auch EDTA-KM möglich)

Probenvolumen ist abhängig von der Zellzahl

Auf Anfrage (falls gDNA asserviert wurde)

NGS Zytopenie Panel

ja

EDTA-Vollblut (prinzipiell auch EDTA-KM möglich)

Next generation sequencing