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Übersicht

NGS MPN Panel

Klinik für Hämatologie (Molekulare Diagnostik)
Weitere Informationen

NGS: Next generation sequencing MPN: Myeloproliferative Neoplasien

1-2x pro Woche

auf Anfrage (falls gDNA asserviert wurde)

Allelfrequenz (%)

Abklärung - V.a. BCR-ABL1-negative myeloproliferative Neoplasie (MPN), insbesondere Essentielle Thrombozythämie, Polycythämia vera, Primäre Myelofibrose oder chronischen neutrophilen Leukämie - Abklärung unklaren Erythrozytosen, Thrombozytosen und Leukozytosen - V.a. atypische chronischer myeloischer Leukämie - Bisherige Anfragen nach MPN-Algorithmus werden automatisch mit dem NGS MPN Panel analysiert. Interpretation - Nachweis in einer Mutation in den Genen JAK2, CALR oder MPL stellt gemäss WHO ein Diagnose-Kriterium für eine MPN dar. Bei JAK2 und MPL wird die gesamte kodierende Region sequenziert, d.h. es können auch Mutationen ausserhalb der Hotspots JAK2 p.Val617Phe und MPL p.Trp515Leu/Lys identifiziert werden (insbesondere auch JAK2 Exon 12 Mutationen). - Nachweis von CSF3R Mutation p.Thr618Ile (oder andere aktivierenden Mutationen) stellt ein Diagnosekriterium für die chronische Neutrophilen Leukämie dar - Nachweis einer Mutation in SETBP1 findet sich häufig bei Patienten mit atypischer chronischer myeloischer Leukämie (aCML) - Für die Bestimmung des Risiko-Scores MIPSS70+ Version 2.0 bei Patienten mit einer PMF wird die Information zu den molekulargenetische Veränderungen in folgenden Genen benötigt: ASXL1, EZH2, SRSF2, IDH1/2, U2AF1 Detektionsgrenze - 1%

Der fehlende Nachweis einer Variante schliesst eine MPN nicht aus, mit diesem Multi-Gen-Panel (Targeted Sequencing) wird nur der exonische Bereich einer begrenzten Auswahl von Genen untersucht. Mit diesem Panel werden nur SNV's und kleine InDel-Varianten detektiert. Regulatorische Mutationen in intronischen Bereichen, grössere genomische Deletionen oder Duplikationen, strukturelle Rearrangierungen (Translokationen und Inversionen) werden nicht untersucht. Die Analyse darf bei fehlender Einverständniserklärung für genetische Untersuchungen nicht durchgeführt werden.

Variantenklassifikation Die Klassifikation der Varianten erfolgt nach den international gültigen Kriterien von ACMG (American College of Medical Genetics and Genomics) und AMP (Association for Molecular Pathology). Dabei werden insbesondere klinische Datenbanken (u.a. COSMIC, ClinVar, cBioPortal, IARC TP53), Populations-Datenbanken (gnomAD), in silico Algorithmen welche die Proteinfunktionalität vorhersagen (u.a. Polyphen, Sift) sowie der aktuelle Stand der Literatur berücksichtigt. Der klinische und biologische Kontext wird für die finale Interpretation der Varianten berücksichtigt. Die Varianten werden in “Pathogene Varianten” und “Variants of Unknown Significance (VUS)” eingeteilt. Bei den VUS ist die klinische Relevanz nicht bekannt bzw. nicht eindeutig beschrieben, werden aber im Bericht erwähnt da deren klinische Relevanz in Zukunft von Bedeutung sein kann. Basierend auf der vorliegenden Evidenz/Datenlage wird eine weiterführende Interpretation der «VUS» im Bericht vorgenommen in «VUS, wahrscheinlich pathogen», «VUS, unklare Signifikanz» und «VUS, wahrscheinlich benigne» vorgenommen. Terminierende Varianten werden bei Tumorsuppressorgenen (TSG) als pathogen beurteilt, bei Onkogenen werden terminierende Varianten nur als pathogen beurteilt, wenn dies in der Literatur eindeutig beschrieben wird. Nicht pathogene Keimbahnpolymorphismen mit einer “minor allele frequency, MAF (gnomAD)” > 1% werden im Bericht nicht erwähnt. Beim Nachweis einer möglichen Keimbahnveränderung wird eine weiterführende humangenetische Beratung empfohlen.

Taxpunkte

Eidg. AL Text Fachbereich Tarmed-Pos. Taxpunkte
6400.66 Myeloische Neoplasien, mittleres Panel HG - 2520.00
6001.03 Extraktion von menschlichen Nukleinsäuren (genomische DNA oder RNA) aus Primärprobe CGHI - 54.90
Präanalytik

NGS MPN Panel

Klinik für Hämatologie (Molekulare Diagnostik)
Weitere Informationen

HAD Hämatologische Untersuchungen

Molekulare Diagnostik

EDTA-Vollblut (prinzipiell auch EDTA-KM möglich)

Probenvolumen ist abhängig von der Zellzahl

auf Anfrage (falls gDNA asserviert wurde)

Analytik

NGS MPN Panel

ja

EDTA-Vollblut (prinzipiell auch EDTA-KM möglich)

Next generation sequencing