NGS CHIP Panel

Klinik für Hämatologie (Molekulare Diagnostik)
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NGS: next generation sequencing CHIP: clonal hematopoiesis of indeterminate potential

1-2x pro Woche

Auf Anfrage (falls gDNA asserviert wurde)

Allelfrequenz (%)

Abklärung Frage nach klonaler Hämatopoese insbesondere nach zytotoxischer Therapie / Bestrahlung / Stammzelltransplantation oder bei kardiovaskulären Erkrankungen Interpretation - Unter der klonalen Hämatopoese von unbestimmtem Potential (clonal hematopoiesis of indeterminate potential, CHIP) versteht man das Vorliegen klonaler somatischer Veränderungen bei Abwesenheit von Anzeichen einer hämatologischen Neoplasie und Fehlen einer Zytopenie. - Der Nachweis einer Mutation im NGS CHIP Panel erlaubt in Zusammenschau mit folgenden Kriterien die Diagnose einer CHIP zu stellen: > Abwesenheit von Dysplasien der Hämatopoese im Knochenmark > Keine Blastenvermehrung im Knochenmark/Blut > Ausschluss von paroxysmaler nächtlicher Hämoglobinurie (PNH), MGUS und MBL - Individuen mit CHIP weisen ein erhöhtes Risiko für die Entwicklung einer hämatologischen Neoplasie oder/und kardiovaskuläre Erkrankung auf - Die Prävalenz der klonalen Hämatopoese nimmt mit dem Alter zu; bei mehr als 10-20% der über 70-Jährigen kann eine CHIP (>2%) nachgewiesen werden - Hämatologischer Stress (u.a. zytotoxische Therapie, Bestrahlung oder Stammzelltransplantation) kann zu einer Expansion einer klonalen Hämatopoese führen. Detektionsgrenze - 1%

Der fehlende Nachweis einer Variante schliesst eine klonale Hämatopoese nicht aus, mit diesem Multi-Gen-Panel (Targeted Sequencing) wird nur der exonische Bereich einer begrenzten Auswahl von Genen untersucht. Mit diesem Panel werden nur SNV's und kleine InDel-Varianten detektiert. Regulatorische Mutationen in intronischen Bereichen, grössere genomische Deletionen oder Duplikationen, strukturelle Rearrangierungen (Translokationen und Inversionen) werden nicht untersucht. Die Analyse darf bei fehlender Einverständniserklärung für genetische Untersuchungen nicht durchgeführt werden.

Variantenklassifikation Die Klassifikation der Varianten erfolgt nach den international gültigen Kriterien von ACMG (American College of Medical Genetics and Genomics) und AMP (Association for Molecular Pathology). Dabei werden insbesondere klinische Datenbanken (u.a. COSMIC, ClinVar, cBioPortal, IARC TP53), Populations-Datenbanken (gnomAD), in silico Algorithmen welche die Proteinfunktionalität vorhersagen (u.a. Polyphen, Sift) sowie der aktuelle Stand der Literatur berücksichtigt. Der klinische und biologische Kontext wird für die finale Interpretation der Varianten berücksichtigt. Die Varianten werden in “Pathogene Varianten” und “Variants of Unknown Significance (VUS)” eingeteilt. Bei den VUS ist die klinische Relevanz nicht bekannt bzw. nicht eindeutig beschrieben, werden aber im Bericht erwähnt da deren klinische Relevanz in Zukunft von Bedeutung sein kann. Basierend auf der vorliegenden Evidenz/Datenlage wird eine weiterführende Interpretation der «VUS» im Bericht vorgenommen in «VUS, wahrscheinlich pathogen», «VUS, unklare Signifikanz» und «VUS, wahrscheinlich benigne» vorgenommen. Terminierende Varianten werden bei Tumorsuppressorgenen (TSG) als pathogen beurteilt, bei Onkogenen werden terminierende Varianten nur als pathogen beurteilt, wenn dies in der Literatur eindeutig beschrieben wird. Nicht pathogene Keimbahnpolymorphismen mit einer “minor allele frequency, MAF (gnomAD)” > 1% werden im Bericht nicht erwähnt. Beim Nachweis einer möglichen Keimbahnveränderung wird eine weiterführende humangenetische Beratung empfohlen.

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NGS CHIP Panel

Klinik für Hämatologie (Molekulare Diagnostik)
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HAD Hämatologische Untersuchungen

Molekulare Diagnostik

EDTA-Vollblut (prinzipiell auch EDTA-KM möglich)

Probenvolumen ist abhängig von der Zellzahl

Auf Anfrage (falls gDNA asserviert wurde)

NGS CHIP Panel

ja

EDTA-Vollblut (prinzipiell auch EDTA-KM möglich)

Next generation sequencing