NGS AML Panel

Klinik für Hämatologie (Molekulare Diagnostik)
Weitere Informationen

NGS: Next generation sequencing AML: acute myeloid leukemia

1-2x pro Woche

Auf Anfrage (falls gDNA asserviert wurde)

Allelfrequenz (%)

Abklärung Identifikation diagnostisch und prognostisch relevanter molekulargenetischer Veränderungen bei der Erstdiagnose einer AML Interpretation - Gezielte therapeutische Intervention: Nachweis einer Mutation in FLT3 (ITD und TKD) sowie IDH1/2 - Risikostratifikation gemäss ELN-Empfehlungen - Nachweis von somatischen Mutationen in NPM1, CEBPA, BCOR, EZH2, SF3B1, SRSF2, STAG2, U2AF1 oder ZRSR2 sind gemäss der aktuellen WHO-Klassifikation für die Diagnose essentiell Detektionsgrenze - 5%

Der fehlende Nachweis einer Variante schliesst eine AML nicht aus, mit diesem Multi-Gen-Panel (Targeted Sequencing) wird nur der exonische Bereich einer begrenzten Auswahl von Genen untersucht. Mit diesem Panel werden nur SNV's und kleine InDel-Varianten detektiert. Regulatorische Mutationen in intronischen Bereichen, grössere genomische Deletionen oder Duplikationen, strukturelle Rearrangierungen (Translokationen und Inversionen) werden nicht untersucht. Die Analyse darf bei fehlender Einverständniserklärung für genetische Untersuchungen nicht durchgeführt werden.

Variantenklassifikation Die Klassifikation der Varianten erfolgt nach den international gültigen Kriterien von ACMG (American College of Medical Genetics and Genomics) und AMP (Association for Molecular Pathology). Dabei werden insbesondere klinische Datenbanken (u.a. COSMIC, ClinVar, cBioPortal, IARC TP53), Populations-Datenbanken (gnomAD), in silico Algorithmen welche die Proteinfunktionalität vorhersagen (u.a. Polyphen, Sift) sowie der aktuelle Stand der Literatur berücksichtigt. Der klinische und biologische Kontext wird für die finale Interpretation der Varianten berücksichtigt. Die Varianten werden in “Pathogene Varianten” und “Variants of Unknown Significance (VUS)” eingeteilt. Bei den VUS ist die klinische Relevanz nicht bekannt bzw. nicht eindeutig beschrieben, werden aber im Bericht erwähnt da deren klinische Relevanz in Zukunft von Bedeutung sein kann. Basierend auf der vorliegenden Evidenz/Datenlage wird eine weiterführende Interpretation der «VUS» im Bericht vorgenommen in «VUS, wahrscheinlich pathogen», «VUS, unklare Signifikanz» und «VUS, wahrscheinlich benigne» vorgenommen. Terminierende Varianten werden bei Tumorsuppressorgenen (TSG) als pathogen beurteilt, bei Onkogenen werden terminierende Varianten nur als pathogen beurteilt, wenn dies in der Literatur eindeutig beschrieben wird. Nicht pathogene Keimbahnpolymorphismen mit einer “minor allele frequency, MAF (gnomAD)” > 1% werden im Bericht nicht erwähnt. Beim Nachweis einer möglichen Keimbahnveränderung wird eine weiterführende humangenetische Beratung empfohlen.

/Uploads/OrderDocuments/UZL_53_Weitere_Info_AML.pdf

NGS AML Panel

Klinik für Hämatologie (Molekulare Diagnostik)
Weitere Informationen

HAD Hämatologische Untersuchungen

Molekulare Diagnostik

EDTA-Vollblut / EDTA-Knochenmark

Probenvolumen ist abhängig von der Zellzahl

Auf Anfrage (falls gDNA asserviert wurde)

NGS AML Panel

ja

EDTA-Vollblut / EDTA-Knochenmark

Next generation sequencing