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Übersicht

NGS AML MRD Panel

Klinik für Hämatologie (Molekulare Diagnostik)
Weitere Informationen

1-2x pro Woche

auf Anfrage (falls gDNA asserviert wurde)

Allelfrequenz (%)

Abklärung - Nachweis von im Rahmen der Erstdiagnose identifizierten Mutationen im Rahmen der MRD-Diagnostik Interpretation - Für die NGS-basierte MRD Diagnostik wird eine fehlerkorrigierte Sequenzierungs-Methode verwendet, um im Rahmen der Erstdiagnose identifizierte Mutationen nachverfolgen zu können (Yoest, Shirai, & Duncavage, 2020). - Der Nutzen von NGS-basierter MRD-Bestimmung bei der AML wurde in mehreren kürzlich publizierten Studien gezeigt (u.a.: (Dillon et al., 2023; Grob et al., 2023; Hourigan et al., 2020; Kim et al., 2023; Onecha et al., 2021; Patkar et al., 2021)). - Mutationen in DNMT3A, TET2 und ASXL1 (DTA) eignen sich nicht als MRD-Marker, da sie oft auch in der altersbedingten klonalen Hämatopoese nachgewiesen werden können (Jongen-Lavrencic et al., 2018). - Gemäss den aktuellen European LeukemiaNet (ELN)-Richtlinien sollen mittels NGS-basierter MRD-Bestimmung Varianten mit einer Sensitivität von mind. 0.1% nachgewiesen werden (Heuser et al., 2021). - Werden bei der Erstdiagnose Mutationen nachgewiesen welche mit den beiden hier beschriebenen Panels nicht untersucht werden, kann weiterhin am Institut für Pathologie ein grösseres NGS Panel gemacht werden Panel design: Gen NM_Accession Exon CEBPA NM_004364 1 FLT3 NM_004119 8 - 21 IDH1 NM_005896 3 - 10 IDH2 NM_002168 4 KRAS NM_033360 5 KRAS NM_004985 2 - 5 NPM1 NM_002520 11 NRAS NM_002524 2 - 5 Gen NM_Accession Exon EZH2 NM_004456 2 - 20 RUNX1 NM_001754 2 - 9 RUNX1 NM_001122607 5 SF3B1 NM_012433 13 - 18 SRSF2 NM_003016 1, 2 TP53 NM_000546 2 - 11 TP53 NM_000546 1 TP53 NM_001276696 10 U2AF1 NM_006758 1 - 8 U2AF1 NM_001025203 3 Detektionsgrenze - ca. 0.1-0.2%

Bei einem negativen MRD-Status kann eine Resterkrankung der AML unter der Detektionsgrenze nicht ausgeschlossen werden. Durch technische Schwierigkeiten kann eine Variante nicht sequenziert bzw. aufgrund nicht Erfüllen der Qualitätskriterien nicht erfasst werden. Die Analyse darf bei fehlender Einverständniserklärung für genetische Untersuchungen nicht durchgeführt werden.

Material wird wie erhalten untersucht. DNA wird mittels Maxwell® CSC Blood DNA Kit isoliert. Die NGS-Library wird mit dem VariantPlex ArcherDx-Kit hergestellt. Sequenziert wird auf einem Illumina Sequenziergerät (2×150 bp Zyklen). Bei allen Arbeitsschritten werden die Protokolle von ArcherDx und Illumina verwendet. Alignment, Variant Calling und Annotierung wird mit der aktuellsten Version der Archer Analysis Software durchgeführt. Zusätzliche Informationen zum Variant Filtering, Qualitätskriterien,... sind auf Nachfrage erhältlich. Die Detektionsgrenze wir anhand eines Normaldatensatzes bestimmt.

Taxpunkte

Eidg. AL Text Fachbereich Tarmed-Pos. Taxpunkte
6400.65 Myeloische Neoplasien, kleines Panel HG - 900.00
6001.03 Extraktion von menschlichen Nukleinsäuren (genomische DNA oder RNA) aus Primärprobe CGHI - 54.90
Präanalytik

NGS AML MRD Panel

Klinik für Hämatologie (Molekulare Diagnostik)
Weitere Informationen

HAD Knochenmark-Diagnostik

Molekulare Diagnostik

EDTA-Knochenmark (prinzipiell auch EK möglich)

Probenvolumen ist abhängig von der Zellzahl

auf Anfrage (falls gDNA asserviert wurde)

Analytik

NGS AML MRD Panel

ja

EDTA-Knochenmark (prinzipiell auch EK möglich)

Next generation sequencing